Шелтон проходил обучение в различных учебных заведениях, занимающихся альтернативной медициной, таких как College of Physcultopathy (Чикаго), Lindlahr College of Natural Therapeutics (Иллинойс), Peerless College of Chiropractic и Crandall Health School (Пенсильвания). Однако ни одно из этих учреждений не предоставляло дипломов, дающих право на лечение пациентов. В 1921 году он получил степень доктора натуропатии, в 1922-м опубликовал свою первую книгу «Введение в естественную гигиену», а в 1927-м впервые был задержан за осуществление медицинской деятельности без соответствующей лицензии.
За время своей практики Шелтон оказал помощь приблизительно 50 тысячам человек. В большинстве случаев его лечение сводилось к двум рекомендациям: голодание по Шелтону и раздельное питание. И никаких лекарств. «Мое твердое убеждение, рожденное годами практики, состоит в том, что голодание ведет к подлинному могучему здоровью»,— говорил он. И то и другое было его ноу-хау: никто из современников Шелтона не лечил аллергию, бронхит, колит, сахарный диабет, астму, сенную лихорадку, а также акне и неврозы с помощью такого нестандартного подхода.
Шелтон придерживался сыроедческой диеты и веганства, выглядел очень здоровым и рассказывал истории о чудесных исцелениях: «Итальянская пара давно стремилась к рождению ребенка, но безуспешно. Они обратились ко мне за советом, и я порекомендовал им курс голодания. Спустя три месяца женщина забеременела, и теперь у них растет замечательный ребенок».
Шелтон более трех десятилетий возглавлял клинику, расположенную в благородном городе Сан-Антонио, что на юге штата Техас. К нему на консультацию обращались многие известные личности того времени. Среди его самых верных сторонников был Махатма Ганди, который убеждал выдающегося специалиста в области гигиены переехать в Индию.
Врача, который избегал назначения лекарственных препаратов, вызывал недовольство среди других американских коллег. Шелтона неоднократно задерживали полиция по обвинению в осуществлении медицинской деятельности без соответствующей лицензии. Обычно он расплачивался штрафами. Однако однажды, в 1932 году, ему пришлось провести месяц в тюрьме Рикерс-Айленд в Нью-Йорке, известной своей площадью в 413 акров».
За свою жизнь Шелтон был автором множества научных работ. Его наиболее известные бестселлеры — «Правильное сочетание пищевых продуктов» (Superior Nutrition, 1978) и «Голодание может спасти вашу жизнь» (Fasting Can Save Your Life, 1978) — продолжают переиздаваться и побуждают людей к экспериментам в целях улучшения здоровья. Шелтон выпускал специализированный альманах «Гигиеническое обозрение доктора Шелтона» (Dr. Shelton’s Hygienic Review), выступал с лекциями и даже принимал участие в президентской гонке в Соединенных Штатах в 1956 году, будучи кандидатом от Американской партии вегетарианцев.
В 1972 году Герберту Шелтону был поставлен диагноз болезни Паркинсона, а в 1978 году в его клинике скончался пациент, находившийся на лечении, в результате сердечного приступа голодания. В этот раз избежать штрафа не удалось. Суд обязал выплатить вдове покойного 890 тысяч долларов, что фактически поставило и клинику, и доктора на грань банкротства. Последние 13 лет жизни Шелтон был прикован к постели, а книги о здоровье он диктовал шепотом.